Son fils et successeur multiplie les impôts, promulgue de nouvelles lois destinées à renforcer les pouvoirs des propriétaires terriens sur leurs serfs et doit, dans un climat de crise sociale aiguë, réprimer de nombreuses émeutes, dont l’une très violente à Moscou en 1648.

Le code adopté en 1649, qui attache définitivement les paysans à la terre, ne fait qu’augmenter le nombre de serfs en fuite, qui rejoignent pour la plupart les établissements cosaques des basses vallées de la Volga, du Dniepr et du Don. Dès 1667, une grande révolte éclate dans le sud-est de la Russie sous la direction d’un hetman des cosaques du Don, Stenka Razine. Elle est réprimée l’année suivante avec grande difficulté par les forces du tsar conduites par les princes Dolgorouki et Bariatinski. Cette première grande révolte paysanne est l’archétype des soulèvements paysans qui suivront et qui seront toujours dirigés plutôt contre la noblesse terrienne que contre le tsar.

La Russie est victorieuse dans la guerre qui s’ensuit avec la Pologne. La signature du traité d’Androussovo en 1667, lui fait recouvrer Smolensk (perdue en 1611) et l’Ukraine orientale, y compris Kiev.

Le retour de l’Ukraine hâte les réformes du rituel de l’Église russe. L’Ukraine est un district métropolitain du patriarche de Constantinople et, pour mieux s’intégrer au reste de la Russie, l’Église ukrainienne est amenée à accepter l’autorité du patriarche de Moscou. Dans le but de rapprocher l’Église russe des traditions grecques, Nikon, patriarche de Moscou de 1652 à 1658, introduit des réformes du rituel et commande de nouvelles traductions des Livres saints. Ces initiatives provoquent une véritable rupture au sein de la communauté des fidèles. Lors d’un concile de l’Église en 1666, les dissidents traditionalistes, ou raskolniki, sont déclarés schismatiques. Des millions de ceux que l’on appelle les « vieux-croyants », conduits par l’archiprêtre Avvakoum, se trouvent ainsi exclus d’une participation complète à la vie russe et sont souvent déportés en Sibérie.